Probiere doch einfach mal, deine Gesamt-PDF über die Seiten-Palette (an der linken Kante) zu teilen, indem du im Kontextmenü gleich über der ersten Miniatur auf "Seiten entnehmen" klickst und im nachfolgenden Dialog entscheidest, ob die extrahierten Seiten(-bereiche):
Seiten: [X ] von Y
[ √ ] nach der Entnahme (aus der Stamm-PDF) gelöscht werden sollen und/oder
[ √ ] als einzelne Dateien entnommen werden sollen
Zur Sicherheit würde ich mir vor diesem Prozess von der Gesamt-PDF noch ein Backup anlegen.